10月30日当天，陈映真等一群抗日知识分子再次向在台北的日本交流协会递送包括胡秋原、台湾抗日前辈周合源及王晓波、尹章义等联名的抗议书，进行示威和街头演讲。然而，当局刻意封锁淡化了台北抗议藤尾正行暴言的演讲会与行动。陈映真因此写下《探索批判的、自立的日本关系和日本论——从藤尾暴言事件想起》一文，并发表在12月出版的台湾《文星》杂志第102期。

针对“加害者目中无人，对自己加害于人的历史非但不知反省，甚且狺狺有辞；而被害者对这样狂慢粗暴的加害者不但不予批驳抗论，反而曲意优媚的这样一种颠倒”现象，他认为“追索日本和中国的战后史，重新审视整个世界的二次战后史，或者是寻找这体制化的颠倒之关键所在”。

于是他从战后盟军对日本的占领政策、日本保守体系在冷战态势下的再建，以及中国的视角，分析批判，进而反省藤尾正行所谓“如果日本侵略了别人，则被侵略的一方，也有问题吧”的暴言。他强调，正确认识、研究和对待日本，是中国极为重要的课题，“清算战后冷战框架下的日本关系和日本论，探索出新的、批判的、自主的日本关系和日本论，已经刻不容缓了！”[37]

1988年11月，日本裕仁天皇病危的传闻甚嚣尘上。陈映真以台湾“中国统一联盟”主席的身份，带头向日本交流协会会长提交其执笔的《台湾各界要求日本天皇临终前为其侵华罪责向中国人民郑重道歉之备忘录》，宣称日本天皇裕仁依《大日本帝国宪法》为国家统治之总揽者及主权者，是作为日本国家机关及战争机关之三代天皇体系的一部分，对侵华战争及殖民支配台湾造成的严重的生命、财产、精神之侵害，负有无可逭怠之重大责任。然而，裕仁在投降诏书中无一字一语对其侵略中国、支配台湾表示忏悔，却对美国、欧洲表示日本发动战争之不当。

因此，他们严肃要求日本交流协会会长向裕仁天皇转达台湾地区的中国人民的要求：在他一息尚存之时，为其重大战争罪责，亲口对包括台湾在内的广大中国人民道歉，以建立中日两民族今后真诚、长久之和平与团结，并以安其临终前灵魂自咎煎熬之苦[38]。

其后，在病重的裕仁天皇“转危为安之际”，陈映真执笔，以“陈映真等人”署名发表《为人道、公理、正义，向日本政府抗议》，提出“基于人道的要求、正义的体现”，以及“祈求和平的诚意，希望中日两民族能够在一个公平的原则上相处”，因此要求日本政府转达裕仁天皇：“在病情稳定的时候，重新回顾过去六十年来的惨痛历史，对中国人所遭受的日本侵略，表示忏悔；对死难的二千万中国人，致以哀吊和歉疚。”

同时，该文明白地昭告日本国民，收敛起外犯意念，和中国人和平相处，相与为善，因为这不但是天皇个人未了之责任，更是关乎日本人尔后命运的“重大警惕”。日本政府更应以“全面而彻底的对台籍原日本兵之赔偿与补偿”等具体措施，“中止一九三一年以来的侵略，使全世界了解，日本人还有公理和正义可言。由此，而开始对中国全面彻底遵从正义与人道的赔偿”。[39]

1992年6月15日，日本当局完全无视日本民众普遍的强烈反对，强行通过了所谓《协助联合国维持和平行动法案》，为派遣日本自卫队至海外立法。日本军国主义复活与美日军事同盟实质上的强化趋势，引发包括日本在内的亚洲各国各地区人民广泛的警觉、不安与最严重的关切，菲律宾、日本、韩国的民间各进步、和平组织展开“亚太公民反对日本向海外派遣自卫队共同签名运动”，并且正式向台湾地区追求进步、和平、正义的团体、机关和个人提出共同签名的要求。

陈映真认为：“作为日本新老军国主义深刻被害者的台湾进步与和平力量，自然不容袖手”，于是团结了黄春明（作家）、高信疆（文化工作者）、王晓波（世界新闻传播学院教授）、张晓春（台湾大学教授）、吕正惠（台湾清华大学教授）与林正杰（民意代表），作为“反对日本海外派兵同盟”的台湾发起人，在10月成立了“阻止日本向海外派遣自卫队亚洲公民会议·台湾分会”，为共同反对日本藉联合国维持和平行动（peace-keeping operation，PKO）对外军事扩张的签名联署，提供超党派的共同阵线服务，同时发出声明：

《团结亚洲、太平洋和日本全地区的公民坚决制止日本假PKO之名再次向海外进行军事扩张！》，指出日本在战后虽然制订了永不备军、建军的宪法，但是不久即以“自卫队”之名“复活”了军队，并发展为军事实力排名靠前的国家；自卫队为了保护早已向着广泛的亚太地区侵透的日本独占资本的利益而积极图谋向该地区派兵，对亚太地区各国人民构成莫大威胁；今天，自卫队由于日本当局公然宣称要通过参与联合国部队和多国部队行使武力，而向着危险的方向发展[40]。

实际上，日本依然以联合国维和部队的名义将自卫队派遣至海外。亚洲12个国家及地区的反帝进步团体于是在日本共同召开十月国际会议（International Conference in October，ICO），决议成立“全亚洲反对美国-日本侵略与宰制行动联盟”（Asian-wide Campaign Against the U.S. and Japanese Aggressin and Domination of Asia，AWC）。台湾地区由劳动党系统的劳动人权协会代表参加。陈映真也积极投入全亚洲反对美国-日本侵略与宰制行动联盟发起的反对日本军国主义运动。

1995年11月28日，日本在社会党籍首相村山富士的主持下制定了新防卫计划的大纲，具体指出只要包括中国、韩国在内的周边出现可能影响日本安全的重大事端，日美两国应紧密合作。

1996年4月17日，美日发布新的《日美安全保障联合宣言》，将日美安保条约的覆盖范围扩大至亚太地区。同年11月23日至12月19日，陈映真在台北举办“五十年枷锁——日本帝国主义下的台湾照片展”。

他在《大正二年讨伐军队纪念》《大正三年讨番军队纪念写真帖》与“五个年讨番计划”中随军记者拍摄的照片中看到，早在据台之初，日本就在台湾恣意施行“三光”的残暴政策。他也在搜集影像材料的过程中深刻体会到：对于日本战争犯罪的历史证据，甚至连“革新”的《每日新闻》都同日本企业、政府和反动派一样，也“搞湮灭、不公开和管制的技俩”。而他相信，“在日本阴暗鬼气的、不知道在哪里的档案室中，应该还保存着大量这一类令人战栗的罪行照片”。

尽管如此，这次展出的四百张珍贵的历史照片，还是“离开文字的缠辩”，呐喊了千言万语不能尽与枉曲的历史真相与本质，使他在搜集与学习过程中受到深刻的教育[41]。

1991年陈映真（左一）和林书扬走在“五一”游行前列 李文吉 摄

1997年，陈映真与林书扬、陈明忠等统左派领导人团结东亚地区进步学者、团体共同发起成立“东亚冷战与国家恐怖”论坛，为促进东亚和平、朝鲜半岛统一与中国统一，展开国际团结。2月，日本、韩国和琉球三地反战运动团体的130位进步人士应邀来到台北，参加该论坛。其后，该论坛持续在韩国济州岛、冲绳那霸与韩国光州轮流举办。

然而，在此前后，陈映真警觉到前殖民者和压迫者日本的一些研究台湾文学的“学者”，正在“有组织、有纲领地展开对日据台湾皇民文学进行公开、放肆、骄慢的翻案”。他感到事态十分严重，于是与台湾《人间》杂志社同仁广泛组稿，在1999年9月刊出《人间思想与创作丛刊》第2辑“噤哑的论争”，深入批判日本反动派学者的暴论。

他在题为《不许新的“台湾文奉会”复辟！》的编案中写道：所谓“皇民文学”是1943年日本扩大对华南与南太平洋地区的侵略时，台湾总督府“皇民奉公会”所属文艺团体“台湾文学奉公会”与“日本文学报国会”共同在台湾推进的“以暴力扭曲和摧残台湾人民灵魂深部”的文学作品。

他指出，客观地说，写“皇民文学”的台湾作家勉强算“只有三个人”，作品也只有“技巧、人物塑造和艺术性拙劣”且“思想道德上鄙下、萎弱”的小说不到10篇。然而，“台独”派学者把作品和作家屈指可数的“皇民文学”，“加以夸大，说成四○年代无人不写”，进一步“涂脂抹粉”，企图对它合法化、免罪化。日本学者则紧接于后立论。

他进一步批判说，这些日本学者的立论虽然枝节不同，却众口一辞“无批判地夸大日本的对台殖民统治为台湾带来‘现代化’（日本人叫‘近代化’）”；“将皇民文学中台湾人心理的一切伤害和矛盾，都归因于前现代的台湾人面对文明开化的殖民地现代性时的挣扎与苦闷，而与对殖民地心灵、物质深刻加害的、不知以暴力为人间罪行与羞耻的日本殖民地体制毫不相干！”

陈映真指出，他们甚至认为：“日本对台湾的殖民使台湾迈入世界史的现代，得以文明开化，教育识字率普及，出版品丰富流通、形成‘公共空间’，从而形成‘台湾民族主义’，是战后台湾经济发展、政治民主化的源头。”也就是说，“日本殖民主义是美善的，有利益和恩惠于台湾”；“帝国主义有理！殖民制度无罪！”

最后，陈映真强调指出：“一个新的总督府文学奉公会正在形成。和这新的日帝文奉会进行坚决的斗争，是一切有自尊心的台湾文学工作者无可旁贷的责任。”[42]