1995年5月29日，一个自称为“终战五十周年国民委员会”的日本右翼人士的“白手套”组织，在东京为二战战殁者举行“追悼会”。基本上，这些反共的右翼政客不承认日本的战争责任，不主张对受到日本侵略的国家与民族道歉，甚至认为日本发动的太平洋战争根本不是侵略战争而是一场“善良的战争”——是把亚洲从白人帝国主义、殖民主义解放出来的“民族解放战争”。

陈映真于是引用日本反战派学者后藤乾一的反论，写了《强盗的说词——评日本右派“太平洋战争为民族解放战争”论》，简要有力地驳斥了那些谬论，并且语重心长地警告说：“强盗、杀人者，可以不顾受害人尚存，犯罪的人证、物证俱在之时，公然否认自己的犯行，还进一步美化自己的犯罪，则倘若有朝一日，可以更加肆无忌惮之时，这无羞耻、无道德的强盗和杀人者会如何狰狞地撬门而来，岂可不深为警惕！”[23]

6月5日，陈映真为中国大陆作者柳白（陈宗舜）所写，“以报导文学、纪实文学的形式，直接披沥了当年受害幸存者的证言，直接传达了被损害、被羞辱、被压迫者蓄积在心灵最深部的受害、苦痛和羞愤”的《向日本控诉：赤裸揭露本世纪兽类集团暴行血证》一书作跋。

针对日本军国主义在中国，以及南洋地区犯下的不可思议的残酷、凶暴而冷血的罪行，他沉痛地写道：“日本人，在侵华战争中的兽性，往往有力地挑战我素来坚不相信的、作为种族主义之基础的‘民族性’论。因为除了以‘日本民族素性残暴’为言，人们很难找出理由来说明。”他进而批判说：“日本人不但彻底否认自己耸人听闻的战争犯行，还进一步美化和合理化犯行，更回过头来控诉别人捏造了犯行，彰明昭著地说明了：没有经受清算的日本战争机器在战时中所犯滔天罪行，绝不是战争中一时的迷乱，而是深植在日本民族文化和血脉中的，令人毛骨耸然的冷血和残暴。”

他认为，是战后东西间的冷战局势，使得日本在美国的反共“大东亚”秩序下，不但逃脱了东亚、南洋各国对其战争责任的清算，而且颐指气使于全亚洲的美国扈从国家和地区之中。而台湾的战后史恰恰“可以作为冷战体制下日本军国主义延命猖狂于亚洲‘自由世界’的缩影”。

他批判台湾当局，为了自己的延命，“一贯与日本旧的侵华、反共、右翼政客过从甚密”，不但“几乎不举行任何抗日纪念会”，“从来不做任何抗日史的研究”，而且镇压抗日爱国人士，让“汉奸分子得意于中央和地方政坛，享受经济上的独占利益”。

最后，他强调：“没有经受历史正义严肃的裁判与清算的日本军国主义，当前正以草根的层次，疯狂、傲慢地在日本全国推动反对国会公表‘不战决议’的运动，由日本民间各右翼团体进行大串联，‘反对’、‘不容许’日本国会通过日本不再从事战争和为日本战争责任谢罪的决议。这是日本在发动和遂行那残暴的侵华战争以及‘太平洋战争’之后，第二次对中国和东南亚各国人民的、最放胆的挑衅和羞辱。”而《向日本控诉：赤裸揭露本世纪兽类集团暴行血证》正是“中国人民及时斥责和回击这挑衅与羞辱的先声”[24]。

2000年11月，日本极右翼漫画家小林吉则（小林善纪）在日本出版漫画政论《台湾论》。12月25日，台湾《中国时报》特别报导披露了号称在日本狂销60万册的《台湾论》的有关内容。陈映真从中知道：“年仅四十多岁，一般日本正派的文化界、言论界和政界都不会加以理睬”的小林吉则，为了这本漫画曾经“数度访台”，不但两次受到台湾当局领导人李登辉亲自接见、宴请，并推心置腹长谈，还见过陈水扁。

通过报导，陈映真也得知，小林吉则“密密麻麻都是文字”的漫画，无忌讳地“肯定天皇神论，坚持天皇国体”；他认为日本十五年对外扩张的战争是“正当、有益的”，日本对台湾的殖民统治是“有良心、有建树的”，而南京大屠杀、七三一部队活体实验、慰安妇制度等都是“谎言和反日宣传”；他不但“不承认日本的战争犯罪责任”，同时鼓吹日本右翼在侵略战争期间宣传而今沦丧的“日本精神”“大和民族的光荣”，崇尚“玉碎”“切腹”的“武士道精神”，深刻憎恶与蔑视过去和现在的中国，斥责日本自由派和左翼思想，悲愤日本在战后从属于美国等等。

陈映真随即警觉地写下《台独派·皇民遗老和日本右派的构图》，在进步而小众的《左翼》第14号发表，沉痛地批判说，小林吉则的“傲慢与猖狂”体现着“五○年代以降，在美日帝国主义共同制霸下，亚洲人民遭受白色恐怖、美国经济和文化侵略、受裹胁于战争机器，民族分裂、同族相仇、自主的民主与进步力量被压抑的总的构造，至于今日而犹统治着美日势力范围下辽阔的亚洲”。

陈映真也批判与日本右翼的“新自由主义史观”互为奥援，狼狈勾结，并随着李登辉篡政后抬头的“新老亲日皇民派”而更加猖獗的“台湾独立”论，同时强调“反对美日帝国主义，于自主、民主和民族统一的斗争，依然是当务之急”。[25]

小林吉则漫画政论《台湾论》的中译本于2001年在台湾出版

陈映真忧心不久之后在台湾“经由台独系出版社‘前卫’汉译公刊”的《台湾论》将对台湾青少年、学生等“漫画人口”起到一定的不良影响，同时接到一位可敬的日本朋友的来信，信中谈到小林吉则《台湾论》的暴论并警告：日本的军国主义在过去以殖民地化把台湾从中国分离出去，今天他们似乎要以“台湾独立”来分裂中国。因此，陈映真就到位于台北SOGO百货公司的日本纪伊国屋书店买了公开展售的日文版《台湾论》，阅读后“触动很大，感慨极深”，于是写下7千多字的《〈台湾论〉之暴言及其共犯构造》，在2001年2月出版的台湾《海峡评论》第122期“皇民化批判”专辑中对此严加批判。

陈映真开宗明义地指出，《台湾论》的主要目的在于切齿抨击“视战时日本对外侵略及殖民历史如污秽”的日本国内民主派、和平主义者、开明学界、舆论界和左翼等有识之士，“丧失和污蔑皇民运动时代的‘日本精神’”，“攻击天皇神论，反对日本自卫国防”，并且因为对日本战争责任的负疚感而“自虐”地从事“谢罪”的外交。

而小林吉则在台湾采访的“权重财粗的皇民余孽的媚日汉奸言论”，让他“向日本开明派反证日本极右派史观与言论的正当性”，从而“感到无穷的希望”地兴奋呼喊：“台湾有李登辉，有经历千锤百炼的独立派，以及受到新的历史教科书教育的明日的台湾人”，竟至急迫、颐指气使地露骨妄称：“台湾应该脱中国而独立！”

陈映真批判地指出，在东西冷战格局下，日本反动的旧军部及战争财阀势力作为美国远东反共战略的工具而延命，并不曾彻底清算战争责任，俨然成为一股猖獗的保守、反共、新军国主义的右翼势力，遍布日本主流社会，而小林吉则只不过是右翼阵营中一个以漫画为形式的、小小的“日本新军国主义宣传员”。然而，他的极右翼的思想言论和前日本殖民地台湾的“皇民精英”媚日的汉奸思想互相应和，互为奥援，形成“日本治台有功、有贡献论”等固定的、刻板的、歪曲史实的说法，使得“台湾独立”运动和日本新军国主义终竟在反共、反华的接点上，结成黑暗的同盟。

他因此强调：“彻底反对台湾分离主义，恢复民族和平与团结，才是粉碎日帝与美帝对包括台湾人民在内的中国人民的野心的不二法门。”[26]

2002年12月15日，“日本李登辉之友会”在东京正式成立，年近八十，已经在台湾政坛失去影响力的李登辉，以“台湾精神与日本精神”为主题，通过连接互联网的电视大屏幕向上千名与会的日本学者和国会议员发表演讲，探讨其所谓的“台湾文化的独自性”和日本武士道文化之间的关系，最后还表示希望有朝一日，能够和在场人士一起在芭蕉叶覆盖之下的小道上共同漫步。

2003年2月，陈映真在台湾《海峡评论》第146期“李登辉皇民化史观批判”专辑发表《龌龊残暴的“武士道”和天皇意识形态》，批判道，日本右翼及其“在台湾的仆役李登辉”无耻鼓吹“以‘武士道’为本质的天皇意识形态”，是日本帝国主义发展的“顶点”，在侵略战争中，驱使大批日本青年把南洋人、中国人、冲绳人视为“非皇民的草芥狗畜”，歇斯底里地横加滥杀、强暴、活体解剖、残酷奴役，终而败北瓦解，却又狡诈利用美国主导的反共冷战结构变装为“象征天皇”，厚颜无耻地延命，从而回避了历史的彻底清算。

他批判李登辉和日本军国主义者，极力鼓吹“大和魂”“武士道”和所谓“日本精神”是“公”“义”“勇”“仁”“诚”“礼”之极致，一概强词否认日本帝国主义罄竹难书的战争罪行，坚不负起任何滔天弥海的责任，甚至无耻吹嘘，其“龌龊、虚伪、视廉耻如无物，真是令人齿冷”。[27]

2005年1月7日，陈映真在人间网以《日本军国主义蠢蠢欲动》为题写道：“战后日本，由于在世界冷战架构中，美国把战败的法西斯日本当作东亚反苏、反共的战略基地，没有追究日本的战争责任，反而让日本军国主义的灵魂‘天皇体制’和战时右翼法西斯财、军、政界得以免受批判清算，继续延命于战后，在政治、外交上紧紧扈从美国，在经济上以美国侵略朝鲜和越南的后勤基地和掠夺东亚、东南亚廉价劳动而‘致富’，并结成一股亲美、保守、右翼的长期政权，为美国虎作伥”。而今，这股右翼财、政、官、学、军势力更壮大到不知忌惮的地步，作为“美国霸权主义忠实的仆从”，它“坚拒为其滔天的战争犯罪和责任表示承担责任，赔礼道歉”，因而在饱受日本军国主义蹂躏的广泛东亚和东南亚各民族人民中，“留下深刻的疑虑、仇恨和不信感”。面对中国在20世纪90年代以来的快速崛起，它更“不无联合美帝，再度驰骋大陆中国，觊觎台湾的野心”。

他警告“欲以美帝鹰犬重新压抑亚洲”的日本军国主义者：“今天的亚洲已不是明治后及日帝‘十五年侵略战争’时的亚洲。日本胆敢再与亚洲挑衅，只有再次蒙受羞耻的‘败战’的命运！”而日本军国主义如不能从自己的历史中汲取教训，“势必为包括中国人民在内的全亚洲人民所痛击！”[28]

同年11月，陈映真为笔者《幌马车之歌》日译本[29]作序《盼望日本大众端正对台湾的视角》。

他再次强调，从20世纪90年代前后开始，随着政治全面保守化趋势的出现，日本产生了一股憎厌中国的思潮和社会心理，“世界上唯一最为亲日的”台湾，经由李登辉、司马辽太郎、金美龄、小林吉则和一些日本的台湾文学研究界“次文化”框架上的论说，重新吸引了日本人民的目光；日本政客又以不加隐讳的敌意，在靖国神社参拜，非法主张东海岛屿的“主权”和提高美日军事战略同盟的地位，妄图武装扩张等问题，引起誓不再战，真正希望中日两国人民的和平、友好的有识之士的忧思。在这样的时刻，对于日本的读者而言，如果能因《幌马车之歌》在日本公开发表而记得战后的日本曾追随美国，背向中国人民，企图分裂中华民族，支持台湾当局，也许就会更加觉得发生在20世纪50年代极端不毛的冷战时代的台湾民众史和自己具有不能躲避的关联性[30]。