第二集中，丁仪在空间站开展粒子对撞实验，冒着系统超载爆炸的风险孤注一掷，以希望打破智子封锁。但实验最终宣告失败，人类科学宣告死亡。这段紧张刺激的剧情让观众们直观感受到智子对人类科学的扼杀，也领略到了丁仪等科学家为了人类未来而拼尽一切的牺牲精神。

网友们纷纷在弹幕上刷出好评：“人类的赞歌就是勇气的赞歌。”“代入感很强，手机已经炸了。”“温馨提示：你可以呼吸。”

“原著党表示满意。增加的丁仪实验这一段原著剧情属实把我踹进仪吹大坑。”

然而，当《三体》动画对原著大刀阔斧地改编，以符合影视艺术规律时，也必然会面临另外一些问题。

在开头“古筝行动”大场面先声夺人之后，却只用几行字幕草草交代了故事背景和前情提要。没看过原著小说的观众一头雾水，他们很难理解“古筝行动”到底是在干什么、ETO是什么组织，更无法理解史强、汪淼、伊文斯和叶文洁这几个关键人物的行为动机。

还有第二集中出现的一场与主线剧情关系不大、为了冲突而冲突的追车逃杀戏码。

主角罗辑遭ETO组织余孽刺杀，史强护送罗辑在川流不息的公路上花式飙车，躲避追杀，期间甚至还出现了地铁脱轨，从高架桥上砸下的夸张场面，画面刺激程度堪比好莱坞爆米花电影《速度与激情》。

在原著小说的剧情设定中，ETO刺杀罗辑是要尽可能地伪装成意外，防止地球政府发现他的重要性，绝对不可能像动画剧情中这样大张旗鼓地追杀。

艺画开天主创团队似乎为了追求冲突刺激的爽感，将《三体》动画变成了正邪对立、英雄拯救世界的好莱坞爽片，原著的冷峻思辨、对人类文明的反思和恢弘壮阔的宇宙观等深刻内涵并没有得到充分体现。

这种缺憾还体现在《三体》动画的人物塑造上。

历经人生苦难，对人性和人类文明绝望，却知书达理、充满涵养，“跟中国无数普通老人没有什么不同”的叶文洁，被改编成一个一脸残酷冷漠、声音嘶哑暗沉的脸谱化反派。

外表粗狂，心思缜密，直觉敏锐，提出“古筝行动”计划，充满人格魅力的史强，在动画中却成为一个人物弧光扁平的保镖式人物。

最令粉丝难以接受的，是《三体》动画对罗辑这一角色的改编。

原著中的罗辑是一个性格超脱的人，玩世不恭、及时行乐的面具下有着超越常人的智慧和冷静。

而动画中的罗辑却聒噪轻佻，前脚情人刚身亡，后脚就能上蹿下跳，给大史递烟点火；在PDC总部被宣布为“面壁者”，罗辑全程没有展现出高级学者应该有的智商和风度，甚至还上演了大庭广众下失态无措、丢徽章、摔话筒等夸张戏码。

有观众直言：“这种性格根本就成不了‘面壁者’罗辑。”

一些原著粉也无法接受《三体》动画的剧情改编，纷纷给出差评：“挺好的，就是跟刘慈欣小说重名了。”“三体人看了都得集体脱水。”“原以为剧情已经到谷底了，没想到你们学会了打洞。”

值得注意的是，就在剧情引发争议之际，《三体》动画的编剧署名权问题也在网络引发争议。

知名编剧李亚玲12月15日发布微博声讨艺画开天，称编剧顾奕才是《三体》动画的真正编剧，但却在最终播出时被排在了第八位署名（一共十位），而所谓的总编剧却是艺画开天公司安排的“空降兵”，一个月内匆匆改了一稿就掠夺了编剧的成果。

观察者网查询发现，《三体》动画的总编剧总共有三位，分别是阮瑞、赵佳星和纪敬，其中阮瑞是艺画开天的创始人兼CEO，纪敬是版权方三体宇宙的内容负责人，而赵佳星则被报道称担任过艺画开天另一部动画《灵笼》的编剧，但《灵笼》的编剧署名栏中并没有出现她的名字。