2008年，有348个捷克城市参与过所谓的“西藏人权运动”。捷克绿党议员马丁·伯斯克（MartinBursık）当选为副总理和环境保护部长，成为内阁第一位公开支持藏独的捷克部长。2009年9月，捷克议会议员代表团进入捷克议会，大闹了会场，中断了原本定下的中捷双方大使的合作项目。在政府层面之外，尽管双方有民间外交关系网络，但中国政府没有对捷克政党（例如以经济为导向的游说团体）发挥足够的影响力。

哈维尔上台成为捷克总统之后，中捷关系降到了冰点

不过在国际公共场合和会议上，捷克从未对“藏独”活动给予明确支持。捷克工业部发布的“2006-2010年捷克出口战略文件”认为，应该在坚持国家利益的基础上保持对华一般性政策。捷克政治精英也从未就中国的人权问题达成共识，虽然对中国持批评态度的个别政客得到了捷克媒体的大力吹捧，但引发捷中关系最大危机的其实是涉台问题而非西藏。

1995年7月，捷克总理瓦茨拉夫·克劳斯（Vaclav Klaus）在布拉格与台湾“副总统”连战私下会面，第二天，哈维尔总统“私下”接待了台湾客人。

随后总统哈维尔在10月份的联合国新闻发布会上口头表达支持台湾加入联合国，遭到中国驻布拉格大使言辞激烈的抗议。在非官方体制下，捷克-台湾的关系也在慢慢升温。随后几年，台湾成为捷克在亚洲的第二大投资来源地，仅次于日本。台北经济文化馆在布拉格还搞了一个办事处（1993年）。1996年，蒋经国国际汉学中心在布拉格的查尔斯大学（Charles University）挂牌成立。

尽管捷克为了尝试对华扩大贸易和投资，官方会把台湾问题从文件中删除，但与台北联系已经严重影响了双边关系的发展。

1980年代，捷克斯洛伐克依然施行严格的国家控制经济体系，这种经济发展模式已经越来越落后于中国。与此同时，中国已经开启了以市场为导向的改革开放。捷克的“新民主”试验与亚洲国家加强经济合作的期望产生了矛盾。

尽管1990年代的捷克政府坚决奉行新自由贸易战略，这虽然有利于他们发展与欧洲其他国家的经济关系，但对华政治上的摆荡导致捷克对中国逆差自1993年之后一直在稳步增加。2007年达到30亿美元，2009年则超过了96亿美元。

尤其是该国出口的塔特拉（Tatra）卡车及其在中国组装的零件，包括斯柯达汽车和其他机械商品。其中还有最大的合作项目：山西神头神头热电厂。捷克斯洛伐克的供应商在1980年代通过谈判，探讨了两个500兆瓦的能源合作计划。1989年11月，中国国务院总理李鹏又提出了扩大协议，1990年后，塔特拉卡车和斯柯达汽车出口成为捷克和斯洛伐克对华商贸谈判战略重点。

有捷克斯洛伐克投资背景的山西神头热电厂

1999年，捷克刚刚成为北约会员国。中国和俄罗斯在南联盟问题上反对北约轰炸塞尔维亚。2000年，经过旷日持久的谈判，双方最终签署了一揽子能源协议。神头计划由捷克出口银行提供担保，最终价格从最初要求的400万美元降低到了100万美元。

1990年代，许多捷克的制造商都试图在中国建立合资企业，但是其中大多数（尤其是以前的国有企业）都因为同样的原因而失败。中国市场供过于求，竞争激烈，让驻华的外国贸易商困难重重。有一个具体的贸易合同案例值得一提：捷克的视频监控系统品牌Vera寻求出口，引起了中国军界的兴趣。然而，这笔交易遭到了美国总统布什的亲自干预，当时的捷克总理弗拉基米尔·斯皮德拉（Vladimır Spidla）最终还是取消了该决定。

捷克和斯洛伐克经济外交试图减少出口劣势和贸易逆差，但效果不是很明显，这对捷克的纺织品、鞋类和皮革制品造成了严重破坏性的影响，而这些产业恰恰是1989年前的捷克斯洛伐克的主要工业之一。

捷克的经济战略带有相当程度的对浪漫中国形象的痴迷，担心在世界上发展最快的经济体面前失去机会，虽然政界保留了较为浓重的“道德价值外交”的痕迹，但为了经济发展，捷克不得不通过商界精英访华以获得中国的青睐。

瓦茨拉夫·克劳斯（Vaclav Klaus）继瓦茨拉夫·哈维尔（Vaclav Havel）当选总统后不久，于2004年访华。

2004年4月16日，他在大型企业代表的陪同下，对中国进行了前所未有的为期11天的长期访问。克劳斯（Klaus）宣布访华前，他决定将采取截然不同的更务实的态度对待同中国的外交，拒绝哈维尔的“持不同政见者的弥赛亚主义”和他的“傲慢的道德和小政治挑衅”。然而很遗憾的是，克劳斯的访华计划准备不是很充分，出现了一些偏差。首先，他的访华之行与朝鲜领导人金正日来华大约在同一时间举行，风头被金正日盖过了；其次，克劳斯本人带有“欧洲怀疑论”的倾向，选择在没有等到捷克加入欧盟之前（前两周）访华，换言之，捷克代表团是以非欧盟国家的身份抵达了中国，最终，捷克高层此次访问效果很一般，只是例行签署了三项双边协议和对未来商业项目的一般性口头承诺。

2019年9月26日，捷克共和国驻华大使馆在北京举办捷克国家日招待会和捷中文艺沙龙活动

聪明而务实的斯洛伐克

与捷克的战略一样，斯洛伐克的对华外交政策也非常看重于与中方的频繁会晤。但是，斯洛伐克用来改善与中国的经济关系的手段有两个更鲜明的特征：授予中国驻斯洛伐克大使荣誉市民称号，对诸如人权等对中国敏感的问题采取更谨慎的态度。

1993年至2008年期间，斯洛伐克奉行与中国进行深入政治接触的政策。与亚洲其他国家的关系相比，斯洛伐克对中国的关注度异常高。例如，在此期间斯洛伐克派出9个高级代表团到日本，大韩民国派了6个代表团（日本和韩国是斯洛伐克的最大投资者），只有4人去了印度。

但在此期间斯洛伐克有过八次对中国的正式访问。包括总统、总理、议会议长和外交部长以及众多其他公共官员。这些政党代表大多是左翼政党Smer（方向党），Hnutie za Demokraticke´ Slovensko（民主斯洛伐克运动党）和SDL（民主左翼党）等等。Smer党的领导人兼总理罗伯特•菲科（Robert Fico，2006-2010年）曾三次访华，最后一次是在2007年。1995年，在弗拉基米尔•梅恰尔（Vladimır Meciar）总理的领导下，斯洛伐克议会的一些成员甚至与中国建立了特别的“友谊小组”。而他的政治对手米哈尔•科瓦奇（Michal Kovac）就很不明智，他主张与台湾代表建立联系。

除了经常访问外，中国驻斯洛伐克大使也获得了很高的荣誉。唐三清、陶妙发、袁桂森等三位即将离任的中国大使被授予二等白色双十字勋章。正如外交部部长米哈尔•科特曼（Michal Kottman）所指出的那样，这是斯洛伐克希望与中国建立良好关系的标志。